Δεν θα έχει απ΄ευθείας πτήσεις από Αθήνα – Σητεία.
Ενώ οι πτήσεις Θεσσαλονίκη – Καλαμάτα, Θεσσαλονίκη – Σάμο, Θεσσαλονίκη – Κερκυρα θα γίνονται μέσω Αθήνας.
Η αλλαγή αυτή στο πρόγραμμα της εταιρείας έγινε, μετά την επίσημη ανακοίνωση των αποτελεσμάτων του διαγωνισμού για τις γραμμές δημόσιας υπηρεσίας, σύμφωνα με την οποία, η Aegean από 1ης Μαΐου 2012 θα καλύπτει για τα επόμενα 4 χρόνια το δρομολόγιο ΑΘΗΝΑ-ΣΚΥΡΟΣ-ΑΘΗΝΑ, το μόνο που της κατοχυρώθηκε και το οποίο θα εκτελείται με Airbus A319/A320.
