Αν και συνέδεσε το όνομά του τόσο με τον Μακεδονικό Αγώνα όσο και με το αντάρτικο του Πόντου, ο Γερμανός Καραβαγγέλης έφυγε από τη ζωή στις 11 Φεβρουαρίου 1935 «με περίλυπη έως θανάτου την ψυχή», όπως είχε γράψει στ’ απομνημονεύματά του. Από τη Βιέννη, «τον τόπο εξορίας» κατά τον ίδιο, πρόφτασε και είδε να πραγματοποιείται το όνειρό του για το οποίο τόσο σκληρά εργάστηκε, η απελευθέρωση της Μακεδονίας. Το ελληνικό κράτος, όμως, αρνήθηκε να πληρώσει ακόμα και τα έξοδα της κηδείας του, με αποτέλεσμα τα λείψανά του να επιστρέψουν στην Καστοριά το 1959!
Το πρώτο κεφάλαιο στην πολυτάραχη ζωή του ξεκίνησε να γράφεται το 1900 όταν σε ηλικία 34 ετών εξελέγη μητροπολίτης Καστοριάς. Υπό την καθοδήγηση του Οικουμενικού Πατριάρχη Ιωακείμ Γ’, του πνευματικού ηγέτη του Μακεδονικού Αγώνα, ανέλαβε καθοριστικό ρόλο στη στήριξη του ελληνικού πληθυσμού που δοκιμαζόταν από τη δράση του βουλγαρικού κομιτάτου.
Το δεύτερο εξίσου σημαντικό κεφάλαιο ξεκίνησε να γράφεται στη Σαμψούντα. Ο Γερμανός Καραβαγγέλης διορίστηκε μητροπολίτης Αμασείας το 1908 και παρέμεινε σε αυτή τη θέση έως το 1922. Στο μεγαλεπήβολο σχέδιο ανάπτυξης της επαρχίας του περιλαμβανόταν η ίδρυση σχολείων και άλλων ευαγών ιδρυμάτων, και η ανέγερση ναών και νέου μητροπολιτικού μεγάρου. Σε μόλις τρία χρόνια έχτισε 115 σχολεία και σχολές.
Το 1914 απέτρεψε την πρώτη απόπειρα εγκατάστασης Τούρκων προσφύγων από τα Βαλκάνια σε ελληνικά χωριά της μητρόπολής του, το 1915 διέσωσε αρκετά παιδιά Αρμενίων, το 1916 προφύλαξε τη μαρτυρική Αμισό από τους Τούρκους.
Στα σαλόνια ο μητροπολίτης Αμάσειας έκανε διπλωματικό μαραθώνιο, αλλά παράλληλα βοηθούσε το αντάρτικο στον Πόντο· ο Μουσταφά Κεμάλ το είχε χαρακτηρίσει «έργο και όργανο» του Γερμανού Καραβαγγέλη.
Για την πατριωτική του δράση συνελήφθη και φυλακίστηκε το 1917. Επέστρεψε στη θέση του αλλά το 1922, μιας και θεωρούνταν υπ’ αριθμόν ένα εχθρός του Μουσταφά Κεμάλ, καταδικάστηκε σε θάνατο, το ίδιο και οι συνεργάτες του, ο επίσκοπος Ζήλων Ευθύμιος Αγριτέλλης και ο πρωτοσύγκελος Πλάτωνας Αϊβαζίδης.
Φωτογραφικό Αρχείο Οικουμενικού Πατριάρχη Ιωακείμ Γ’, του πνευματικού ηγέτη του Μακεδονικού Αγώνα, και του Νικολάου Δ. ΒΑΔΡΕΑΧΑΝΗ
Ο μητροπολίτης ήταν ο μόνος που γλίτωσε καθώς τη στιγμή της καταδίκης ήταν εν πλω επιστρέφοντας από το Βουκουρέστι. Η Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου για να τον σώσει τον εξέλεξε μητροπολίτη Ιωαννίνων και με εντολή του Πατριάρχη δεν αποβιβάστηκε στην Κωνσταντινούπολη αλλά στην Αθήνα.
και προτάθηκε για Αρχιεπίσκοπος Αθηνών δεν εξελέγη, όπως παλαιότερα, το 1913 και το 1921, του είχαν αρνηθεί τον πατριαρχικό θρόνο. Ως μητροπολίτης Ιωαννίνων πήγε στην Ήπειρο αποφασισμένος να δώσει «βιομηχανική ώθηση στον τόπο, ώστε ν’ αναχαιτιστεί το ρεύμα εκπατρισμού των Ηπειρωτών». Η «μετάθεσή» ως Έξαρχος Κεντρώας Ευρώπης στη μητρόπολη Ουγγαρίας ήρθε το 1924, μόλις έναν χρόνο μετά την άφιξή του στα Ιωάννινα. Παράλληλα, του έκοψαν στη μέση το μισθό, ενώ τον άφησαν απλήρωτο για μήνες.
Ο Γερμανός Καραβαγγέλης στ’ απομνημονεύματά του ανέφερε: «Κι έτσι σήμερα κατάντησα να περιφέρομαι σχεδόν άνεργος σ’ ερείπια, εξόριστος απ’ την Καστοριά, απ’ την Αμάσεια, απ’ την Κωνσταντινούπολη, αφού γλίτωσα πολλές φορές τον μαρτυρικό θάνατο στην Τουρκία, και τελικά εξόριστος κι απ’ την Ελλάδα.
Ο κληρικός αυτός φαίνεται πως δεν θα ήταν χρήσιμος πια στην Εκκλησία της Ελλάδος και γι’ αυτό έπρεπε να ταλαιπωρηθεί, να εξευτελιστεί, να εξοριστεί τέλος απ’ την ίδια του την πατρίδα, για να πεθάνει μακριά της εξόριστος στην ξένη γη».
